Varje enskild Scientology Kyrka är en separat korporation och leds av en egen styrelse. Personalmedlemmar och chefer bildar också den ecklesiastiska ledningen i Scientology Kyrkan och är fullt ansvariga för att se till att tjänster erbjuds till deras församlingsmedlemmar.
Church of Scientology International (CSI) är moderkyrkan i religionen Scientology, med säte i Los Angeles. CSI har överinseende över de ecklesiastiska aktiviteterna i alla Scientology Kyrkor, -organisationer och -grupper världen över, och ser till att enskilda kyrkor får vägledning i sin verksamhet. CSI står också för den övergripande planering och ledning som krävs för att underhålla kyrkans internationella tillväxt.