Church of Scientology International (CSI) är Scientologys moderkyrka och den har sitt huvudkontor i Los Angeles i Kalifornien. CSI har överinseende över de ecklesiastiska aktiviteterna i alla Scientology Kyrkor, -organisationer och -grupper världen över, och ser till att enskilda kyrkor ges vägledning i sin prästerliga verksamhet. CSI står också för den övergripande planering och ledning som krävs för att understödja kyrkans internationella tillväxt.
Genom CSIs kyrkliga ledningsverksamhet får Scientology Kyrkor råd och hjälp för att kunna tillämpa Scientologys skrifter såväl tekniskt som administrativt. Förutom planering, ledning och generell assistans åt de olika kyrkorna inom hierarkin, står CSI också till tjänst med specialanpassade program för medarbetare i Scientologys administrativa teknologi. Detta är en utbildning som genomförs på den internationella utbildningsorganisationen vid CSIs huvudkontor i Los Angeles.